试剂盒或类似试剂盒不可能实现细胞核蛋白和细胞浆蛋白的完全分离，相互之间的污染肯定是会存在的。如果是培养的细胞样品，则分离效果通常会好一些，如果是组织样品，则效果通常会相对差一些。如果是冻存的样品，则效果会很差，因为冻融过程会导致细胞浆蛋白和细胞核蛋白的混合。
如果希望获得更好的分离效果，在抽提细胞浆蛋白时，可以适当减轻剧烈Vortex的程度，并注意Vortex的时间不要过长，后续的离心时间可以长一些。并且特别注意吸取上清时千万不要触及沉淀。可以留一小部分液体不吸。确保吸出的细胞浆蛋白尽量少污染细胞核蛋白。后续抽提细胞核蛋白前，尽量先吸尽残余液体。如果对细胞核蛋白的纯度要求很高，可以加入100-200微升PBS，稍洗涤一下，随后12000-16000g离心5-10分钟，随后吸尽液体。PBS洗涤是为了充分去除残留的细胞浆蛋白。随后按照试剂盒说明书操作即可。核蛋白及浆蛋白的纯度鉴定可以使用相对应的内参蛋白进行Western检测。