(1) 蛋白胶凝固不好，很长时间才凝固？
加大TEMED及过硫酸铵的用量，使胶的凝固速度加快。确保玻璃板洗干净，防止玻璃板上有干胶或残留物附着。
(2) 蛋白胶不凝固？
加大TEMED及过硫酸铵的用量；胶凝固时放置于37℃或强光处；使用新鲜配制的过硫酸铵，过硫酸铵容易放置时间过长极易失效。
(3)胶凝固时间过长或太快？
如果凝胶时间过长，可能是TEMED及过硫酸铵用量偏少。如果凝胶时间太快，可能是TEMED及过硫酸铵用量太多，此时胶会比较硬。
(4)电泳条带呈现笑脸状，即条带中间凹下两边翘起？
电泳系统温度偏高或电泳速度过快。蛋白胶凝固不均匀，中间部分凝固不好。
(5) 电泳条带中间凸起两边向下？
可能是两板间隙底部有气泡
(6) 条带向两边扩散？
加样量过多，电泳速度过慢，或电泳时温度偏高。
(7) 条带拖尾？
样品溶解不完全导致核酸浓度过高或者分离胶浓度过大。