许多染料对DNA都有不同程度的亲和性，故可以作为染色体的染色。在染色体的常规染色中，一般用吉姆萨、地衣红、福尔根、石碳酸复红等可获得较好的染色效果。硫堇可用于口腔黏膜、尿液、羊水、绒毛细胞以及人工培养细胞等样本的染色体染色，尤其适用于较难上色的性染色质的染色，另外硫堇可用于尼氏小体、肥大细胞等物质的染色。

prosperich硫堇染色液(2%)主要由磷酸盐、硫堇组成，当染色尼氏体时尼氏体呈深蓝色，但染色肥大细胞时肥大细胞呈紫红色。该试剂仅用于科研领域，不适用于临床诊断或其他用途。